La biodiversidad hace referencia al conjunto de seres vivos (plantas, animales y microorganismos) que viven en el agroecosistema y a las relaciones entre ellos y con el ambiente que les rodea.
En producción ecológica, la biodiversidad es un pilar esencial de los equilibrios necesarios para alcanzar la sostenibilidad de la producción agraria, apoyándose en las funciones básicas de los ecosistemas, como son: reciclado de nutrientes, mantenimiento activo de la vida del suelo, manejo de la dinámica de las poblaciones evitando el impacto ambiental negativo y mejorando la calidad del entorno.
Con un adecuado manejo de infraestructuras que favorezcan la biodiversidad, se consigue mejorar la influencia biológica del agroecosistema y facilitar el control biológico.
Este tipo de diseño asegura la conservación de enemigos naturales al proporcionarles refugio y alimento para su desarrollo.
Además, permiten conectar las diferentes zonas de la explotación, generando corredores ecológicos que aumentan la interacción de poblaciones.